“自古名山僧占多”，相傳早于隋初開皇八年(589年)，就有僧人于靈源山頂立寺祀奉觀音大士。唐德宗貞元八年(792年)來庵隱居的道士蔡明浚與寺僧守凈共同擴建。元末明初(1368年)陳友諒舉事兵敗，其驍將張定邊亦遁于此山削發為僧，號沐講禪師，于明洪武初年在山腰建新寺。寺分為上下二寺：上名天公案(觀)，因常有紫云蓋上，故號“紫云寺”(后毀);下名靈源寺(即靈源庵)。明永樂七年(1409年)，寺左又建一“霽云書院”，一稱朱子祠。正德年間(1506年前后)里人吳東籬，精通堪輿，親自勸募在右邊建尼姑庵舍和夫人媽宮，并筑寺圍墻。為此，寺宇規模初定。明人蘇浚有《詠靈源庵》一詩寫其形勝：“丹崖玄室倚天孤，一徑遷回萬壑殊，有客入門苔不掃，無僧余法鳥相呼。胸吞渤摟三島，手拍浮丘倒百壺。夜靜鐘聲醒客夢，天花渺渺出仙都。”

　　經歷代僧眾保護修葺，千年古剎靈源寺現已成為泉南最享盛名的禪林之一。1982年至1995年，靈源寺開辟了自泉安公路至寺院的盤山公路。在距寺院三百米處和大殿廣場旁建立了兩座雄偉的山門。寺廟左右及山門附近奇石佳景處，分別建有壩上亭、慈濟亭、四達亭等七座亭閣，與殿宇互相輝映。1998年，大殿后又落成一列三座殿宇，中為大雄寶殿，右為地藏殿，左為祖師殿。大殿前面，鋪有1500平方米的鋼筋水泥廣場，十分寬敞。廣場前臨山谷處，因勢建筑起一列雙層地上室，作為接待四方賓客的宿舍和食堂之用。高低錯落，布局有致的靈源山又增一道風景，與靈源山山林勝景交相映襯，相得益彰。大殿前連著一座三開間的拜亭，飛檐翹脊，金碧輝煌，軒朗而宏麗。拜亭及殿廊均采用透雕玲瓏精致的青石盤龍柱，柱上鐫刻鎦金對聯，其中有相傳為宋代宰相曾公亮題的“靈山好作西天界，源水能通南海潮”，有明代探花，書法大家張瑞圖手書的“從聞思修大士何曾出世;法界定慧眾生各自開堂”，以及一副古代流傳下來佚名的“洞口春深煙雨、海門夜半漁燈”等名聯。還懸有清代翰林莊俊元題的“古佛”，中國佛教協會主席趙樸初題的“靈源寺”，原全國人大常委會副委員長彭沖題的“天壇”等匾額。

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